El departamento de San Martín está ubicado en la región Nor Oriental del Territorio Peruano, con zonas en Selva Alta y Selva Baja. Su territorio está atravesado de sur a norte por el rió Huallaga, y de norte a sur por el rió Mayo tiene en la carretera Fernando Belaunde Terry al mejor aliado para su desarrollo.

La altura del Departamento de San Martín oscila entre los 190 msnm (distrito El Porvenir) y los 1,700 msnm (distrito Awajun en Rioja).

El clima predominante es el cálido húmedo, con una estación sin lluvias que corresponde al invierno austral. Sin embargo, las noches son relativamente frescas. En las áreas limítrofes con Amazonas, La Libertad y Huanuco, el clima varía con la altitud que modifica el clima tropical hasta convertirlo en agradable clima templado-cálido en las yungas fluviales y templado-frío en las zonas limítrofes con la alta montaña y el borde oriental de la meseta andina.

El promedio de temperatura en la región San Martín es de 32º C máxima y 28º C mínima lo que da una temperatura anual media de 24ºC.

El Departamento de San Martín con su capital la ciudad de Moyobamba, cuenta con 10 provincias y 77 distritos.